Tác dụng phụ của thuốc chủ vận GnRH là các dấu hiệu và triệu chứng của chứng giảm tiết estrogen, bao gồm bốc hỏa, đau đầu và loãng xương. Ở những bệnh nhân điều trị lâu dài, có thể cung cấp lại một lượng nhỏ estrogen ("phác đồ bổ trợ add-back") để chống lại các tác dụng phụ như vậy và ngăn ngừa sự mất xương. Nói chung, bệnh nhân điều trị dài hạn, cả nam và nữ, thường trải qua quá trình quét DEXA hàng năm để đánh giá mật độ xương.

Cũng có báo cáo cho thấy rằng chất chủ vận GnRH được sử dụng trong điều trị ung thư tuyến tiền liệt giai đoạn cuối có thể làm tăng thêm 30% nguy cơ mắc các vấn đề về tim.[14]